|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
Determinanty fúzogenicity Syncytinu-1, buněčného glykoproteinu retrovirového původu
Trávníček, Martin ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Zábranská, Helena (oponent)
Syncytin-1 je původem retrovirový obalový glykoprotein, který je specificky exprimován v lidské placentě, kde tento protein získal novou fyziologickou funkci. Po interakci se svými receptory, transmembránovými proteiny ASCT1 a ASCT2, Syncytin-1 zprostředkovává fúze buněk za vzniku mnohojaderného syncytiotrofoblastu, který zajišťuje látkovou výměnu mezi matkou a plodem. Tato práce zavádí novou metodu kvantifikace buněčných fúzí, s jejíž pomocí je možné v proteinové struktuře Syncytinu-1 blíže charakterizovat determinanty jeho fúzogenní aktivity. Metoda využívá oddělenou expresi Syncytinu-1 a ASCT2 s fragmenty luciferázy v heterologním buněčném systému a umožňuje specifickou kvantifikaci buněčných fúzí na základě aktivity luciferázového reportéru. Práce přináší nové poznatky o roli intracytoplazmatické části Syncytinu-1 v procesu iniciace buněčných fúzí. Tato část proteinu obsahuje tandemový motiv, který je citlivý na změny v aminokyselinové sekvenci. Substituční mutace v tomto motivu vedou k absolutní ztrátě fúzogenicity. Dále bylo potvrzeno, že protein Suppressyn působí jako silný inhibitor buněčných fúzí navozených Syncytinem-1. Suppressyn však neváže receptory Syncytinu-1 a mechanismus jeho působení zůstává nadále nejasný. V poslední části práce bylo potvrzeno, že C oblast extracelulární domény 2 v...
|
|
|
Transmembránové proteiny ASCT1 a ASCT2 a jejich interakce s retrovirovými obalovými glykoproteiny
Trávníček, Martin ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Mělková, Zora (oponent)
Transmembránové proteiny ASCT1 a ASCT2 patří mezi rozšířené buněčné transportéry neutrálních aminokyselin. Nezávisle na své transportní roli v metabolicky aktivních buňkách, slouží také jako receptory mnoha retrovirů. Všechny retroviry, které interagují s receptorem ASCT2, popř. ASCT1, sdílí příbuzný obalový glykoprotein. Mezi tyto glykoproteiny patří mimo jiné Syncytin-1, kódovaný lidským endogenním retrovirem typu W, který je produkován v placentárním cytotrofoblastu primátů včetně člověka. Interakce receptor-vazebné domény Syncytinu-1 se specifickou extracelulární oblastí ASCT2 způsobuje fúze sousedních buněk a vznik mnohojaderného syncytiotrofoblastu. Význam syncytiotrofoblastu spočívá v efektivnějším příjmu živin plodem z krve matky a zároveň v modulaci imunitní odpovědi matky vůči plodu. Tyto vlastnosti jsou nezbytné pro správný vývoj nového jedince, poruchy se vznikem syncytiotrofoblastu často vedou ke komplikacím během těhotenství. Charakterizace proteinových domén, zodpovědných za interakci mezi Syncytinem-1 a jeho receptory, je tak důležitým krokem při odhalování genetických příčin těchto patologií. Zároveň nám tyto poznatky pomáhají objasnit mechanismus buněčného vstupu i u dalších retrovirů a vysvětlují nám molekulární podstatu senzitivity nebo rezistence hostitele k těmto retrovirům. ASCT1,...
|
|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
host ::
RSS.